Les nymphes jumelles de Mothra et les enfants de la ville trouvent une ville perdue, ainsi qu'un monstre géant attiré par les calamités environnementales....

Un nouveau Mothra prend son envol et doit combattre Death Ghidora pour sauver l'humanité....

Pour sauver le monde, Mothra remonte dans le temps pour tenter de vaincre un jeune roi Ghidorah....

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Une histoire d'amour entre Hajime, jeune homme à l'esprit vif, et Reika, jeune femme plutôt lente d'esprit....