Mexique, 1850. L'arrivée d'une jeune fille prénommée Justine, qui vient de perdre ses parents, sème le désordre dans un couvent et déclenche une série d'évènements surnaturels. Elle va faire la connaissance de sa camarade de chambre, Alucarda, une fille réservée, proche de la nature, mais qui cache, sans le savoir, un terrible passé: un lien avec Satan......

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Au XIX siècle, un journaliste enquête sur un certain Dr Maillard et son "système apaisant" censé apporter de nouvelles solutions sur la folie. En visitant l'asile de fous du médecin, il va découvrir que rien ne semble être ce à quoi il s'attendait......

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