Misa Kuroi est une jeune fille possédant des pouvoirs de sorcière, qui arrive en cours d'année dans un nouvel établissement scolaire. En ville dernièrement, les morts violentes suspectes se succèdent, selon une logique qu'un des élèves de la classe de Misa interprète comme étant une cérémonie pour invoquer Satan. Un jour, treize élèves dont Misa sont désignés par leur professeur pour rester et faire un devoir. Mais celle-ci s'éclipse et ne revient pas. Une des élèves part aux toilettes et meurt noyée, tandis qu'un groupe essaie désespérément de sortir, leurs pas les ramenant inlassablement dans l'enceinte du lycée....

Un jour de pluie, Akane traversa un chemin avec un gentil jeune homme qui lui offrit son manteau. Lors de leur seconde rencontre, il lui avoue qu'il n'a aucun souvenir de qui il est, que ce soit son nom ou son passé, mais se sent heureux en sa présence. Akane part alors à la recherche de son nom, et souhaite démêler son lien énigmatique avec une célèbre danse maudite dont la rumeur dit que quiconque tentera de l'exécuter sera tué....

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Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?...

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En 2012, après les événements de Digimon Adventure : Last Evolution Kizuna, les jeunes adultes DigiDestined — Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari et Ken — doivent concilier leurs nouvelles responsabilités avec leurs partenaires Digimon. Mais Rui Owada, un jeune homme mystérieux, apparaît, prétendant être le premier humain à s’associer avec un Digimon-Ukkomon. Rui aurait-il vraiment pu être le premier DigiDestined ?...

Diaboromon fait un retour sur le Net, et les Digi-sauveurs sont appelés à agir, ignorant que Diaboromon a encore quelques tours dans sa manche depuis leur dernière rencontre....

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