À peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, le dieu du tonnerre et des éclairs, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent. À leur tête, l'empereur d'Outremonde, Shao-Kahn lui-même....

Les Highlanders ont vécu à l'époque de nos ancêtres et vivent aujourd'hui à nos côtés. Depuis des siècles, Duncan MacLeod (Adrian Paul) croise le chemin de son proche ami, Connor MacLeod (Christophe Lambert), immortel également. Leur amitié a commencé au XVIIème siècle, lors de leur première rencontre sur le champ de bataille de Glen Fruin. Connor l'avait alors pris comme apprenti et lui avait enseigné les rudiments de combat et les règles des immortels. A l'aube du XXIème siècle, le destin a fait en sorte de les réunir à nouveau. Par ailleurs, les deux combattants découvrent que chacun de leurs adversaires possède un pouvoir de destruction incroyable dû à la maîtrise des arts martiaux et de l'épée. Une ultime bataille dont l'issue décidera du destin de l'espèce humaine va se dérouler entre les immortels sur la Terre. A la fin, il ne doit en rester qu'un seul....