Les clans vapeur et diesel s'affrontent dans cette aventure débordante d'action! Un feu éclate sur Sodor et deux nouvelles locomotives anti-incendie Flynn et Belle arrivent pour aider Thomas et Percy à maîtriser la tuation! Tandis que Thomas commence à consacrer la plupart de son temps aux nouveaux héros de Sodor, Percy est entraînée dans le clan des diesels, où elle se laisse amadouer par le virtuose de la supercherie lui-même, Diesel 10! Mais Percy ignore que Diesel 10 veut se servir d'elle pour prendre la place des moteurs à vapeur....

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Un invité spécial arrive sur Sodor avec un projet secret. Les locomotives rencontrent de nouveaux amis et trouvent des vestiges cachés. Ensuite, leur courage est mis à l'épreuve lorsque leur nouvel ami Stephen disparaît. Thomas le retrouvera-t-il à temps ? Les locomotives découvriront-elles la vérité sur le plus grand mystère de l'île de Sodor ?...