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L'histoire commence avec Makoto Segawa, un étudiant de première année à l'Université Meikei. Le jour de sa cérémonie d'entrée à l'université, Makoto rencontre une fille au visage frais et excentrique nommée Shizuru. Makoto a un complexe qui le fait fuir le contact avec les autres, mais elle réussit à le faire s'ouvrir naturellement à elle. Tout ce que Shizuru veut, c'est être avec Makoto, alors elle prend aussi un appareil photo. Les deux passent leurs journées ensemble à prendre des photos dans la forêt derrière le campus. Cependant, Makoto a des sentiments pour un autre étudiant nommé Miyuki. Shizuru décide que si Makoto aime Miyuki, elle veut l'aimer aussi. Elle veut aimer tout ce qu'il fait. Un jour, elle dit à Makoto qu'elle veut les prendre en photo en train de s'embrasser dans la forêt comme cadeau pour "son anniversaire". Il oblige pour elle, et ils s'embrassent dans la forêt....

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Yoshiyama Akari va bientôt passer son baccalauréat. Elle est sur le point mener une nouvelle vie après avoir réussi l'examen d'entrée à l'université, sa mère, Yoshiyama Kazuko, travaille comme pharmacologue. Cependant, sa vie bascule lorsque sa mère a un accident de voiture. Conformément au souhait de sa mère, elle décide de partir en 1972 pour réaliser le souhait de sa mère. Dans le passé, elle rencontre Mizoroki Ryota, un jeune réalisateur de films qui l'aide dans cette époque inconnue....

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos......

Trois skieurs de l’extrême vivent à toute vitesse sur les sommets des pistes d’Hakuba. En dehors du ski, les trois amis travaillent chacun de leurs cotés suivant ce qu’ils trouvent. Gin décroche une place de moniteur de ski. C’est là qu’une jeune femme, Nanami se présente. Celle ci doit apprendre au plus vite à skier car elle va se marier dans une église en glace au sommet d’une montagne. Gin devient donc son moniteur personnel....

Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l’histoire tragique d’un jeune ronin, Motome, venu récemment avec la même requête......

Rui était en vélo un soir, lorsqu'elle fut renversée par une voiture qui prit la fuite. Elle perdit la vue à la suite de ce terrible accident. Wataru, lui, est passionné de parapente mais est traumatisé à l'idée de conduire un deux-roues depuis l'accident de moto qu'il a eu l'an passé avec son pote Hiroya. Après leur rencontre dans des circonstances incongrues, Rui propose à Wataru de devenir son "chien d'aveugle". Il accepte et petit à petit, il l'aide à sortir de sa coquille et à surmonter son traumatisme. Mais ils sont vite rattrapés par leurs passés respectifs et découvrent que le destin peut être bien cruel parfois…...

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Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays....

Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin....

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Un soir, la princesse Sakura est attaquée par un homme dont le visage est caché mais dont le tatouage est apparent. À cause de cette nuit-là, la princesse Sakura tombe amoureuse de l'homme. Afin de le trouver, elle abandonne tout et obtient le même tatouage identique. C'est alors qu'elle travaille comme prostituée. Gonsuke est l'homme qui a attaqué la princesse Sakura mais il a également volé un rouleau et, à cause de cela, il est poursuivi par des assassins......

L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente....

L'artiste japonais Foujita est le chouchou de Paris dans les années folles, aimé pour ses nus délicats. Après avoir quitté sa 1ère épouse, Fernande, il rencontre Lucie Badoud et la nomme Yuki (neige en japonais) d'après sa peau délicieusement pâle. Avec leurs amis Van Dongen, Kisling, Picasso, Modigliani & Kiki, ils vont à toutes les fêtes! Au début de la Seconde Guerre mondiale, Foujita revient au Japon avec sa nouvelle épouse japonaise, Kimiyo. Il expose ses peintures de guerre bien plus sombres que les blancs délicats de sa période parisienne. Alors que les combats s'intensifient, Foujita se retire dans le pays avec Kimiyo et découvre un Japon qu'il n'a jamais connu. Foujita revient en France des années plus tard. Ici, nouvellement naturalisé, il prend le nom français de Léonard et construit la chapelle "Notre Dame de la Paix" à Reims, son dernier ouvrage....

Le NPS (National Police Safety Rescue), dont le but est d'attraper vivants les criminels les plus dangereux, devient le centre d'attention du public. Un sit-in de démonstration a lieu et les membres du NPS, dont Ichigo Kamikura, se rendent sur le site. Pendant ce temps, un navire de transport est détourné dans l'océan Pacifique....

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Quand la belle Kanako, lycéenne populaire et sans histoire disparaît, sa mère fait appel à son ex mari, flic alcoolique, pour qu’il retrouve leur fille. Mais celui-ci va découvrir que sous les apparences, l’univers de l’adolescente est plus trouble qu’il n’y paraît…...

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Alors que le club de foot lui fait de plus en plus d'ombre, l'équipe de base-ball du lycée Zenryoku emmenée par son capitaine Fukutsu Toshi et sa manager Tsukita Akiko enchainent les mauvais résultats. Le principal ordonne donc sa dissolution pure et simple. Fukutsu arrive finalement à obtenir un sursis, mais la survie du club dépend maintenant d'une qualification pour le Koshien, le prestigieux tournoi de baseball des lycées japonais....

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XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves....

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Akira Okuzono perd son mari soudainement. Elle se rend dans la ville de son défunt mari, Kagoshima, avec son beau-fils âgé de 9 ans, Shunya. Elle y rencontre son beau-père, Setsuo. Ils commencent à vivre ensemble tous les trois. Akira Okuzono cherche un emploi. Elle décide de devenir conductrice de trains. C'est le travail de son beau-père et ce que son défunt mari rêvait de devenir lorsqu'il était enfant....

Pour préparer ses guerriers aux attaques potentielles d’envahisseurs étrangers, le hanshu organise un marathon. Le marathon suit un chemin de montagne sur environ 58 kilomètres. Les réservistes se joignent au marathon pour se faire offrir un prix. Pendant ce temps, le marathon est considéré à tort comme un acte de trahison par le gouvernement central Edo. Les assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Jinnai Karasawa ( Takeru Satoh ) apparaît comme un samouraï normal, mais il est en fait un espion pour le gouvernement central. Il se rend compte que des assassins sont envoyés au Palais de hanshu. Pour arrêter les assassins et dissiper le malentendu, Jinnai Karasawa court désespérément....

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Nozaki Kazuhiro, journaliste spécialisé dans le paranormal, reçoit la visite de Tahara Hideki qui vient lui demander conseil à propos de faits étranges qui se passent dans son entourage. Nozaki et Higa Makoto, une de ses connaissances qui possède un don pour ce genre de choses, commencent à étudier le cas mais se retrouvent vite dépassés par la puissance du phénomène qui va attirer d’autres spécialistes dont Higa Kotoko, la sœur ainée de Makoto et médium la plus réputée du Japon....

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En 1974, Morikazu a 94 ans et sa femme Hideko, 76. Ils vivent dans une maison du quartier d'Ikebukuro à Tokyo. Le jardin de leur maison est rempli d'arbres, de plantes et d'insectes. Morikazu peint des images des créatures dans son jardin et les observe également. Cela constitue sa routine quotidienne depuis plus de 30 ans. Morikazu et Hideko divertissent les visiteurs chaque jour, y compris un photographe et le couple vivant à côté de chez eux....

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger....