Une tempête effroyable se déchaîne sur le Pacifique, engloutissant un pétrolier tandis qu'un immense éclair illumine le ciel au-dessus de la Polynésie française. Des empreintes géantes creusent un inquiétant sillon à travers des milliers de kilomètres de forêts et de plages au Panama. Les navires chavirent au large des côtes américaines et ces horribles phénomènes s'approchent de plus en plus près de New York. Le chercheur Nick Tatopoulos est arraché à ses recherches afin d'aider les États-Unis à traquer le monstre qui est à l'origine de ces désastres mystérieux....

Deux cents ans après le suicide de l’officier Ellen Ripley, une équipe de généticiens clone la jeune femme afin de récupérer l’alien vivant en elle, qui n’est autre qu’une reine. À leur grande surprise, le clone de Ripley a hérité de certaines caractéristiques génétiques de l’alien et ce dernier possède en partie la mémoire de Ripley. Afin d’étudier cette fascinante espèce et de lui permettre de se reproduire, les scientifiques font appel à des pirates de l’espace qui leur fournissent des « cobayes humains » pour héberger les embryons d’alien. Les généticiens arriveront‐ils à apprivoiser ces « bébés » ?...

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