En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?...

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Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander....

The Seven Deadly Sins sont là pour combattre de puissants démons bien décidés à ressusciter une bête féroce enfermée depuis plus de 3 000 ans. Le film se situe quelques temps après la saison 2 de l'anime......

21 juillet 2047, Risa Tsukiori, une jeune gymnaste a un accident lors d'une compétition nationale. Le 27, dans le monde du jeu Brain Burst, une bataille de territoire oppose Nega Nebulus et Great Wall. Tandis que Haruyuki et Kuroyukihime se préparent au combat contre le Roi Vert, une tempête emporte tous les joueurs. Ceux-ci se retrouvent déconnectés et l'application Burst Link ne fonctionne plus....

Pour rendre service à Tôko, Takashi Natsume se rend dans une ville proche. Une ville où sa grand-mère, Reiko, a brièvement vécu alors qu'elle était lycéenne. Par hasard, alors qu'il est sur le chemin du retour, Takashi croise la route d'une personne ayant autrefois côtoyée Reiko....

Le film propose deux histoires : "Ishi Okoshi" (the Waking Rock) et "Ayashiki Raihôsha" (the Strange Visitor). Dans la première histoire, Takashi Natsume croise par hasard la route d'un yôkai prénommé Mitsumi. Ce dernier a pour mission d'éveiller Iwatetsu, un yôkai de rang divin. Dans la seconde histoire, Kaname Tanuma fait la connaissance d'un homme mystérieux qui, par la suite, va lui rendre visite régulièrement. Cette nouvelle amitié l'enchante mais Natsume reste méfiant : il sait que cet homme est un yôkai et il s'inquiète pour son ami. Une méfiance fondée puisqu'au bout d'un certain temps, la santé de Tanuma se détériore....

Lorsqu’il était enfant, Yuta Okkotsu a vu son amie Rika Orimoto perdre la vie dans un terrible accident. Depuis, Rika vient hanter Yuta qui a même souhaité sa propre mort après avoir souffert des années de cette malédiction. Jusqu’au jour où le plus puissant des exorcistes, Satoru Gojo, l’accueille dans l’école d’exorcisme de Tokyo. Tandis que Yuta trouve enfin un nouveau sens à sa vie, une menace plane sur le monde. En effet, quelqu’un projette de déchaîner un millier de malédictions sur Shinjuku et Kyoto pour exterminer tous les non-exorcistes…...

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2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes....

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Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres....

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X")....