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Une mystérieuse créature détruit 70 % de la Lune. La créature prévient alors que si elle n'est pas détruite avant le mois de mars de l'année prochaine, il détruira la Terre. La créature exige aussi de devenir le professeur principal pour la 3e classe E à Kunugigaoka Junior High School. Le gouvernement ne peut refuser. La créature devient alors le professeur principal de la classe qui se compose d'étudiants ayant échoué, y compris Nagisa Shiota. La créature est appelée Teacher Koro. Pendant ce temps, le gouvernement demande aux étudiants de tuer le Maître Koro qui a promis de ne pas leur faire de mal....

Les élèves de la classe 3-E (3-End) n'ont pas réussi à tuer leur professeur Koro-sensei durant les six premiers mois de l'année scolaire. Le festival de l'école doit leur donner de nouvelles occasions d'y parvenir. À la surprise générale, Kaede Kayano parvient presque à le tuer. Koro-sensei dévoile alors ses origines, sa relation avec la sœur de Kaede Kayano, et le rôle du docteur Kōtarō Yanagisawa....

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Ken Kaneki est étudiant à l'université. Il est aussi à moitié goule et à moitié humain. Il agonise devant sa situation. Essayant d'éviter d'autres goules, il s'abrite au café Anteiku et passe du temps avec Toka Kirishima. Un jour, une goule, Shu Tsukiyama, apparaît au café Anteiku, il s'appelle le "Gourmet"......

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Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu......

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Un couple marié qui a obtenu un accord de divorce perd la mémoire dans un accident. Amnésiques, ils retombent amoureux, alors leurs familles tentent de restaurer leurs souvenirs pour finaliser le divorce....

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