L’histoire se situe pendant la période d’Edo,sous la gouvernance du seigneur Ukyo. Elle relate les faits incroyables du samouraï Kanemi Sanzaemon et de sa tristement célèbre épée.Il y a trois ans, lors d’une représentation de danse traditionnelle, Kanemi Sanzaemon assassine Lady Renko qui était la concubine du jeune daimyo Ukyo.Cette femme n’était alors qu’une intrigante qui, aux yeux de Sanzaemon, n’était connue que pour ses frasques et sa corruption; alimentant ainsi des tensions irréversibles entre le peuple (qu’elle accablait par les impôts) et son daimyo. Cet acte de « folie » lui vaut une assignation à résidence pendant 3 ans, ainsi que la perte de tous ses titres honorifiques. Après sa peine, il est convoqué de manière inattendue au domaine de Kubota.Le daimyo le réclame à ses côtés pour devenir son garde du corps, espérant ainsi contrer l’éventuel complot assassin d’Obiya Hayatonosho......

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Masaharu Fukuyama reprend le rôle qu'il avait joué dans "Suspect X" en 2008, en interprétant le physicien-détective Manabu Yukawa. Le scientifique et enquêteur arrive dans une ville côtière pour participer à une conférence. Mais lorsqu'un homme est retrouvé mort à l'extérieur de l'auberge où il loge, Yukawa commence à démêler les liens qui unissent la victime à la fille activiste des aubergistes et à un garçon précoce qui apparaît pour la première fois dans un train et qui ne cesse de réapparaître. Il s'agit d'un mystère à la Sherlock Holmes avec une touche environnementale, qui devrait plaire aux amateurs de romans policiers classiques....

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Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays....

Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin....