L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla......

Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu et décide de créer un bio-robot à partir du mélange de la technologie de pointe et de l'ADN prélevé sur les restes du tout premier Godzilla. Akane Yashiro est nommée pilote....

Pour sauver le monde, Mothra remonte dans le temps pour tenter de vaincre un jeune roi Ghidorah....

À la suite d'une vague incessante de guerres et d'une croissance démesurée de la pollution, d'énormes monstres font leur apparition. Heureusement pour l'humanité, l'EDF (Earth Defense Force), veille et emploie des unités mutantes pour combattre la nouvelle menace. Lorsque les différentes créatures gigantesques se mettent à attaquer simultanément les diverses capitales de la planète, l'EDF se retrouve soudainement impuissante face à l'énorme invasion....

Aujourd'hui, l'équipe de militaires et de scientifiques spécialement désignée pour annihiler Godzilla pense avoir trouvé la solution : aspirer ce dernier dans un trou noir miniature, le confinant ainsi dans une prison dont il ne pourra plus jamais s'échapper. Mais après un premier essai à première vue réussi, un petit imprévu survient alors que toute l'équipe a déjà plié bagages. Le trou noir ne s'étant, malgré les apparences, pas tout à fait refermé, un énorme insecte ailé en émerge et pond un œuf avant de repartir. Un enfant s'en empare et, par un concours de circonstances, est amené à le cacher dans les égouts. L'œuf finit par éclore et bientôt, une gigantesque méganula arpente la ville à la recherche de nourriture....

Un an après la défaite de Godzilla aux mains de MechaGodzilla, le Japon répare Kiryu (le nom donné à Mechagodzilla) et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites jumelles qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité....

Un regard sur le travail des cinéastes et des artistes qui, depuis un demi-siècle, perpétuent la tradition des effets spéciaux artisanaux. Présente diverses interviews de cinéastes et de réalisateurs qui racontent leurs expériences....

Documentaire sur la production du film "Godzilla : Tokyo SOS"....

...