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La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…...

En quête de popularité, le vampire Lestat s'initie à la musique rock et devient le chanteur d'un groupe underground. La raison de son succès : son allure et ses manières de vampire. Nuit après nuit, des groupies se pressent dans sa somptueuse demeure, lui fournissant en abondance le sang frais nécessaire à sa survie. Au cours de sa fulgurante ascension, Lestat fait la rencontre de Jesse Reeves, une étudiante anglaise, nièce de la vampire Maharet. Fragile, désorientée, la jeune fille s'offre à Lestat et demande à être initiée par lui. Mais pour la première fois, celui-ci se refuse à profiter d'une innocente. En rompant avec la traditionnelle discrétion des vampires, Lestat s'attire la haine de Marius, son ancien maître, et réveille la soif de pouvoir de la reine Akasha, qui décide d'en faire son compagnon....