La classe de Nuke Em High est de retour, et cette fois ils sont au collège! L'usine nucléaire de Tromaville a été reconstruite et comprend maintenant l'institut de technologie de Tromaville. Situé à l'intérieur de la centrale nucléaire, Tromaville Tech est l'endroit où le Prof. Holt a mis au point des Sub-humanoids ... Des êtres vivants sans émotions, qui ont été génétiquement programmés pour effectuer des tâches secondaires...

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Le sergent Harry Griswold se voit léguer les pouvoirs d'un maître kabuki et devient, bien malgré lui, un super héros, le seul à pouvoir lutter contre les super méchants....