Ce film est la suite des aventures du club d’hôtes. L’Académie Ouran est une prestigieuse école dont la plupart des étudiants viennent de familles riches et aisées (ou enfant de yakuzas aussi). Haruhi Fujioka fait partie de ces quelques étudiants qui viennent d'un milieu modeste (grâce à une bourse qu'elle reçoit grâce à ses bons résultats). A cause de circonstances imprévues, Haruhi Fujioka finit par rejoindre un "club d’hôtes" masculin, tout en cachant son identité sexuelle. L'amitié et l'amour se développe entre Haruhi Fujioka et les membres du "club d’hôtes"....

Un mystérieux incident a lieu dans un train au Japon. Au même moment, un local du FBI est détruit par une explosion. Les deux affaires semblent reliées par un virus informatique du nom de Wizard créé par Alessandro Carolina Madoka, une jeune femme dont les capacités ressemblent à celles d'Ataru. L'enquête japonaise menée par Hoshi Akiho, et dont fait notamment partie l'inspecteur Sawa, collabore alors avec une équipe du FBI dirigée par Larry Inoue. Celui-ci revient au Japon accompagné d'Ataru pour mettre la main sur Madoka. L'ancienne policière devenue détective privée Ebina Maiko tente également de se mêler de l'affaire. Si Madoka apparait au début comme la coupable idéale, des éléments troublants poussent les enquêteurs à suspecter de plus en plus Ataru....

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