Yotaro, qui pensait être fils unique, retrouve sa vraie mère dont il avait été séparé quand il était petit. Après avoir été réunis, Yotaro découvre qu'il a dix-neuf sœurs, de 0 à 18 ans....

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Le film reprend la série, en adoptant cette fois le point de vue d'un nouveau personnage : Kazane Hiyori, secrètement amoureuse de Tomoki Sakurai. Elle est timide et n'ose pas l'approcher directement, elle va alors rejoindre le club de recherche du nouveau monde dont Tomoki et ses amis font partie. Elle participe ainsi aux activités du club et y prend même plaisir, mais un terrible accident va survenir…...

Tomoki continue de vivre sa vie comme si de rien n'était avec à ses côtés Nymph, Ikaros et Astraea. Mais un jour, il apprend la vérité sur ce que signifie son rêve et ses implications. Il doit alors retourner sur ce « Nouveaux Monde », et combattre pour protéger tout ce qu'il a de précieux. Car ce n'est plus seulement lui qui est pris dans toute cette histoire, mais le monde entier tel qu'il est…...

L'histoire tourne autour Makoto Yukami, un lycéen dont la passion est de visiter des sources d'eau chaude. Sa 100ème escale est à Miyama-kan, une auberge tenue par quatre « femmes idéales » : Tokura, Akino, Tsutsuji et Mitomo. Là, Yukami aperçoit Yuri, une déesse des sources d'eau chaude et usurpe ses pouvoirs de manière inattendue. Makoto se retrouvera finalement à travailler à l'auberge....

En 1944, Suzu, fraîchement mariée, emménage chez ses beaux-parents à Kure, un port proche d’Hiroshima, face à la base navale impériale, constamment sous le feu des raids américains jusqu’au bombardement fatal d’Hiroshima en 1945. La guerre vue à travers le prisme d’une famille japonaise traditionnelle ordinaire, qui se bat au quotidien pour sa survie....

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