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Il y a une explosion soudaine au bord géant des installations océaniques du sommet de Tokyo. L'ombre de Tōru AMOURO, qui travaille pour le Bureau de sécurité de l'Agence nationale de police comme Zéro, apparaît sur le site. En outre, le "triple-face" du personnage connu comme Rei FURUYA en tant que détective et apprenti de Kogoro Mouri, et il est également connu comme Bourbon , membre de l'organisation des hommes en noir. Kogorô est arrêté comme suspect pour l'explosion. Conan mène une enquête pour prouver l'innocence de Kogoro, mais AMOURO se met sur son chemin....

Le voleur surdoué Lupin le Troisième achète une « lampe magique» et découvre qu'elle contient un génie. Cependant, après que l'horloge ait sonné 19 heures, il ne semble plus se souvenir de rien... Se retrouvant à Singapour, Lupin doit se battre contre les forces du Colonel Garlic et découvrir le secret de la lampe - mais chaque soir à 19 heures, sa mémoire est effacée ! Comment Lupin peut-il reconstituer ce puzzle alors qu'il ne se souvient même pas de ce qu'il fait ? !...

L’histoire raconte les 2 années d’entrainement de Luffy avec Silvers Rayleigh (surnommé le Seigneur des Ténèbres) sur l’Île Rusukaina, après la bataille de Marineford et la mort de son frère Ace. Burndy World (Bandy?) surnommé The Destroyer of the World grâce à son fruit du démon MoaMoa, s’est évadé du niveau 6 de la prison de Impel Down (La Grande Prison sous-marine). Les 7 Capitaines Corsaires (Shichibukai) se retrouvent impuissants face à ce nouvel ennemi. Luffy, qui apprend à contrôler son haki, essayera de l’arrêter avec l’aide de Boa Hancock....

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