Albator était jadis un officier de l’armée. À bord de son vaisseau l’Arcadia, il a provoqué le soulèvement des forces alliées avant de disparaître du système solaire. Devenu une véritable légende après un siècle d’errance, son but reste mystérieux et lorsque son vaisseau réapparaît tel un vaisseau fantôme, de nombreuses questions resurgissent. Pourquoi Albator est‐il devenu un pirate ? Pourquoi l’homme à la profonde cicatrice s’est‐il révolté contre le gouvernement ? Que va‐t‐il faire à présent ?...

L’histoire nous entraîne dans le quotidien de la jeune Hatori qui est secrètement amoureuse de son ami d’enfance, Rita. Elle se contenterait bien de cette position privilégiée de confidente, persuadée qu’il la choisira un jour. Mais voici que le jeune homme s’éprend d’une intello à lunettes…...

Une nuit, une tornade aux couleurs de l'arc-en-ciel avala le monde. Haruto et Koyomi se retrouvent propulsé dans un monde où n'importe qui peut utiliser la magie. Dans ce monde, Magic Land, la magie et la science ont évolué simultanément. Haruto rencontre alors un jeune garçon du nom de Shiina qui a perdu sa mère lors de la tornade. Afin de découvrir la vérité, ils décident de se rendre au "Château d'Émeraude" rencontrer le "Magicien d'Or" qui semble être à l'origine de la tornade....