Les survivants d'un naufrage, menés par le professeur Murai, échouent sur une île inconnue. Là, ils découvrent la carcasse d'un bateau recouverte d'étranges champignons. Bientôt, ils vont découvrir qu'ils ne sont pas seuls à peupler cet endroit mystérieux......

Des catastrophes inexplicables s'abattent sur la Terre, plongeant les humains dans le chaos. Mais des événements se produisent aussi dans l'espace, notamment sur la station spaciale japonaise qui est détruite suite à une attaque par des extra-terrestres ! Les astronautes envoient deux navettes sur la Lune, d'où semble venir les attaques... Ils découvrent alors une base alien au coeur d'un volcan éteint et un combat débute entre les deux espèces, alors qu'au même moment des soucoupes volantes partent en direction de la Terre....

Le 29 septembre 1979, l'Agence d'exploration interstellaire lance une fusée japonaise, le JX-1 Hawk, dans l'espace lors d'un voyage de neuf mois pour étudier sur la planète Saturne. Une fois cette sortie terminée, l'équipage se voit confier une nouvelle mission spatiale après que les scientifiques ont découvert une étoile, nommée « Gorath » l'Union astronomique internationale, dont le mouvement devient incohérent. En analysant la trajectoire de Gorath à travers le système solaire, l'équipage du JX-1 Hawk découvre qu'elle est certes plus petite que la Terre, mais 6 000 fois plus dense. Il parvient à transmettre ses données vers la Terre avant qu'un énorme puits gravitationnel ne se forme et l'absorbe avec le vaisseau....

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Après la détonation des bombes atomiques sur Hiroshima et Nagasaki, l'armée japonaise et le gouvernement se sont opposés à la demande des Alliés de se rendre sans condition. Le ministre de l'armée Anami conduit les officiers militaires qui se proposent de se battre, même à la mort de tous les citoyens japonais. L'empereur Hirohito, cependant, se joint à ses ministres pour demander l'impensable, la reddition pacifique du Japon. Lorsque les militaires complotent pour renverser le gouvernement civil de l'Empereur, Anami doit faire face au choix entre ses désirs et sa loyauté envers son Empereur....

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Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume......