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Une nuit, une tornade aux couleurs de l'arc-en-ciel avala le monde. Haruto et Koyomi se retrouvent propulsé dans un monde où n'importe qui peut utiliser la magie. Dans ce monde, Magic Land, la magie et la science ont évolué simultanément. Haruto rencontre alors un jeune garçon du nom de Shiina qui a perdu sa mère lors de la tornade. Afin de découvrir la vérité, ils décident de se rendre au "Château d'Émeraude" rencontrer le "Magicien d'Or" qui semble être à l'origine de la tornade....

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