Un reporter américain est envoyé au Japon pour interviewer un scientifique japonais qui travaille sur de bizarres expériences dans un laboratoire en haute montagne. Lorsque le docteur réalise que le reporter est le sujet parfait pour sa nouvelle expérience, il le drogue et lui injecte un sérum, qui va progressivement le transformer en un monstre......

Les survivants d'une épave se trouvent sur une île vraisemblablement inhabitée et irradiée. Une expédition conjointe de scientifiques roliscains et japonais explore l'île et découvre une population indigène et les minuscules Shobijin, deux prêtresses jumelles de la divinité de l'île, Mothra. Un Homme d'affaires, Clark Nelson kidnappe les fées, cherchant à les exploiter à des fins lucratives, ce qui oblige Mothra à se déchaîner pour les sauver....

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En l'an 5001, la planète Jillucia autrefois paisible, est aujourd'hui sous la coupe tyrannique des Gavanas. Un groupe d'élus va l'en délivrer....

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