Ce film est une version alternative de la série télévisée ; il est composé des deux OVA de 2007, éditées pour améliorer le rythme de l'intrigue, et d'un segment supplémentaire ressemblant à un épisode télévisé où les acteurs sont chargés d'étudier les fleurs. L'intrigue présente plusieurs différences avec la série télévisée. L'accent est plus marqué sur les événements d'il y a 12 000 ans, en particulier la mort d'Apollonios et l'implication de la précédente incarnation de Reika....

...

L'histoire se passe aux États-Unis. Wallace est un Digisauveur qui vit aux USA, mais contrairement aux autres enfants, il possède deux Digimons. Malheureusement, l'un d'entre eux a été contaminé par un virus, le rendant peu à peu maléfique. Quelques années plus tard, Hikari et Takeru sont en voyage à New York quand Hikari ressent une étrange présence. Les adolescents tombent nez à nez avec le Digimon maléfique, puis sur Wallace qui semble être le seul capable de l'arrêter. Les Digisauveurs japonais vont alors se rassembler pour l'aider....

Diaboromon fait un retour sur le Net, et les Digi-sauveurs sont appelés à agir, ignorant que Diaboromon a encore quelques tours dans sa manche depuis leur dernière rencontre....