Après l'explosion d'un mystérieux laboratoire, Jobe qui en est le seul survivant, oscille entre la vie et la mort. Il est alors pris en charge par le Dr Cori Platt qui entreprend de reconstruire son esprit en utilisant l'informatique et la réalité virtuelle. Pendant ce temps, le scientifique Benjamin Trace se bat pour conserver l'exploitation de son programme de réalité virtuelle nommé "Chiron". Malheureusement l'invention est mise aux enchères et c'est John Walker, un homme d'affaire cupide qui s'en empare afin de contrôler l'accès de toutes les autoroutes de l'information. Walker pense alors à Jobe, simple d'esprit devenu demi-dieu cybernétique pour l'aider dans son projet démoniaque. Seul le scientifique Trace peut contrer Jobe devenu une monstruosité synthétique, d'une puissance incommensurable....

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Le Retour du Joker raconte l'histoire de la réapparition de l'ennemi de Batman, 40 ans après avoir disparu de la scène. Bruce Wayne semble connaître la raison de cette longue disparition du Joker, et est ainsi certain qu'il ne peut s'agir de la même personne. Lui et Terry McGinnis tentent de découvrir la véritable identité du vilain, et son plan. Au fur et à mesure de l'enquête, les destins de plusieurs autres personnages de l'univers de Batman, qui n'avaient pas encore été mentionnés dans la série Batman, la relève, sont révélés, et notamment celui du second Robin (Tim Drake)....

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