An 2201 AD. Âgée de 16 ans, Ruri est à présent le capitaine du nouveau vaisseau Nadesico B, successeur de l’ancien Nadesico désormais désaffecté. Depuis quelques temps, des forces inconnues s’attaquent à plusieurs colonies et Ruri a pour mission de découvrir ce qui se cache derrière cette étrange affaire. Son vaisseau se dirige vers la colonie principale Amaterasu. Sur place, l’équipage commence ses investigations lorsque survient un étrange bug. Sur tous les ordinateurs et écrans de la base s’affiche alors un mystérieux message : OTIKA. Toute la colonie est rapidement prise de panique....

Takaki et Akari sont deux camarades de classe de l'école primaire. Au cours de leur temps ensemble, ils sont devenus des amis proches. Leur relation est testée lorsque Akari déménage dans une autre ville à cause du travail de ses parents. tout les deux luttent pour conserver leur amitié, alors que le temps et la distance semblent lentement les séparer. Lorsque Takaki découvre qu'il est en train de s'éloigner définitivement, il décide de rendre une dernière à visite à Akari....