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Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander....

Des élèves du lycée Hosho étaient à bord d'un avion lorsqu'il celui-ci s'est écrasé dans des circonstances mystérieuses. Mutsumi Oribe a ainsi échoué sur une île avec quelques camarades de classe, mais ils découvrent avec horreur que l'île est habitée par des insectes géants. Grâce aux connaissances de Mutsumi sur le monde sauvage, les survivants s'organisent pour tenir jusqu'à l'arrivée des secours. En effet, ces derniers devraient être là d'ici trois jours......

Après un accident d'avion lors d'un voyage scolaire, Oribe Mutsumi et ses camarades de classe se retrouvent bloqués sur une île déserte. Mutsumi qui a une certaine connaissance de la nature, trouve les autres survivants. Elle pense que d'ici trois jours, ses camarades et elle-même seront sauvés... Mais, les élèves ne savent pas encore que l'île est en fait peuplée d'insectes tueurs géants......

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