Dans un futur alternatif, après des décennies de guerre, le monde a fini par arriver à une paix durable. Mais les Terriens ont désespérément besoin de retrouver un peu d'action. Pour apaiser ses citoyens, le gouvernement met alors en place un cycle de guerres d'un genre nouveau : celles-ci seront désormais organisées par des sociétés militaires privées, dans le seul but de divertir la population.C'est alors que la dernière recrue à rejoindre les pilotes de Sky Crawlers se retrouve impliquée dans un nouveau projet militaire, visant à rendre les pilotes infaillibles......

Prenant place après les événements de la série, les Taros et Kohana sortent du Den-Liner pour rendre visite à Ryotaro et Airi. Cependant, ils voient un mystérieux train fantôme qui était mentionné dans les légendes urbaines. Momotaros et les autres sont attaqué par deux Imagin et Kamen Rider Yuuki Skull form. Durant le combat, il est révélé que Kamen Rider Yuuki n'est autre que Ryotaro possédé par un imagin. Même avec l'aide de Kamen Rider Zeronos, les choses semblent perdues, jusqu'à ce qu'un Den-Liner bleu apparaisse avec une nouvelle figure: Kamen Rider New Den-O....

À la suite d'une promesse faite à Mark Williams, un vieil ami cambrioleur décédé, Edgar / Lupin III doit restituer tous les objets volés par Mark dans le temps. Si il réussit, Edgar pourra connaitre l'emplacement du fameux « Diamant Trique » que convoite également Magali / Fujiko ainsi que des représentants de la mafia russe....