À Buenos Aires, Daniel Pratt, jeune topologue, enquête sur l’étrange disparition d’une rame de métro. Le réseau est tellement étendu et complexe qu’il part à la recherche de son créateur, un ingénieur qui fut son professeur à l’université, afin de lui demander de calculer toutes les probabilités des voies que le métro aurait pu emprunter. Mais bien que toujours introuvable, la rame se manifeste occasionnellement par des vibrations dans les galeries du métro…...

Alex, une adolescente de 15 ans, a un secret : elle est hermaphrodite. Peu après sa naissance, ses parents décident de quitter Buenos Aires pour s'installer sur la côte uruguayenne, dans une maison de bois perdue dans les dunes. XXY commence avec l'arrivée d'un couple d'amis venus de Buenos Aires, accompagnés d'Alvaro, leur fils de 16 ans. Le père, un spécialiste en chirurgie esthétique, a accepté l'invitation en raison de l'intérêt médical qu'il porte à Alex. Une attirance inéluctable naît entre les deux enfants qui va les obliger à affronter leurs peurs... Des rumeurs se répandent dans la ville. On commence à dévisager Alex comme si elle était un monstre. La fascination qu'elle exerce risque désormais de devenir dangereuse....

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