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Le 6 août 1945, un B-29 américain lâche la première bombe atomique sur la ville d’Hiroshima… Face à cette nouvelle menace, les autorités militaires japonaises confient une mission de la plus haute importance au Capitaine Masami Asakura qui se voit confier le commandement d’un sous-marin ramené d’Allemagne par une équipe de scientifiques : le I-507. Sa mission : trouver le vaisseau américain qui achemine la seconde bombe atomique et l’empêcher de mener sa tâche à bien. Mais comment faire alors que les eaux grouillent de navires américains? Masami ne tarde pas à découvrir la présence à bord de son sous-marin d’une arme secrète d’origine nazie appelée Loreleï, un petit submersible avec à son bord une jeune japonaise… Pourra-t-elle empêcher le lancement de la deuxième, mais surtout de la troisième bombe atomique visant à rayer Tokyo de la carte ?...