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L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente....

Dans les sources chaudes de montagne d'Izu, au Japon, un triangle amoureux attend de se produire. C'est à la fin des années 1930 que les chemins d'une superbe femme fuyant Tokyo, d'un beau célibataire et d'un masseur aveugle se croisent....

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