Un missile d'origine inconnue détruit un pont de Tokyo. La police des Labors est chargée par un agent du gouvernement d'enquêter sur l'affaire......

Bacchushund et Bulldont décident de rivaliser pour savoir qui vaincra les Ohrangers en premier. Le père recourt à un Mécamonstre redoutable tandis que le fils fait appel à un Yôkai. Les Ohrangers étant complètement démunis face à ces deux menaces, le colonel Miura décide de faire appel aux Kakurangers…...

Char tente de prendre possession de l'astéroïde Luna 5 durant la bataille de Gryps. Mission réussie, il parvient à le faire lancer sur Lhassa, au Tibet, là où se trouvait le nouveau QG de la Fédération. Adenauer Paraya, un politicien envoyé par la Fédération, a pour mission de négocier secrètement avec Char Aznable afin qu'il n'y ait plus de conflit. La négociation tourne à l'avantage de Char qui rachète l'astéroïde Axis à l'aide d'une très forte somme en or. Son plan, projeter Axis sur Terre pour anéantir toute vie dessus et accélérer l'évolution de l'humanité en NewTypes. Bright Noah, Amuro Ray, et tous les membres de Londo Bell devront alors tout faire pour empêcher cette catastrophe....

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L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !...