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Ce second film de la saga Takumi-kun se déroule toujours dans le fameux internat et se déroule après les évènements du premier. Gii et Takumi forment maintenant un couple et sont enviés par tous. Takumi semble lui plus libre et plus intégré avec les autres élèves de l'internat. Bien que tout semblait se passer à merveille, leur relation va connaître des hauts et des bas avec l'arrivée de l'élève de première année Morita pour qui Gii semble accorder une certaine importance....

Au mois de juin de leur troisième année d'université, le couple Takumi / Gii va rencontrer de nombreuses difficultés; notamment, l'anniversaire de la mort du frère de Takumi, qui va engendrer des conflits au sein du couple, et remettre en question, certaines promesses du passé. Trahisons, réconciliation, humour et amour sont alors au programme....

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Tout commence par un examen où, sans le faire exprès, Shingyouji voit la copie de son camarade, amenuisant considérablement ses chances d'aller à l'école Shidô car il a été vu par son senpaï : Arata-san. Mais ce dernier ne le dénonce pas. Ce geste, parmi tant d'autres, fait chavirer le cœur de Shingyouji qui déclare très rapidement sa flamme... Sans réponse en retour. Des années plus tard, Arata n'hésite pas à jouer avec son kobai en l'embrassant et le touchant mais apparemment sans sentiment réciproque, continuant ainsi une relation à sens unique. Mais tout change lorsque le senpaï d'Arata revient en scène, chamboulant les sentiments de Shungyouji et de son bien-aimé......

Takumi Hayama (Hamao Kyosuke) et Giichi Saki (Watanabe Daisuke) entrent déjà en troisième année de fac. Takumi se voit attribuer un nouveau colocataire, Misu Arata (Ryoma Baba), car Gii, étant président du conseil des étudiants, a sa propre chambre. Gii devient de plus en plus distant avec Takumi et lui demande même de ne plus l'approcher, sans lui donner d'explications. Takumi va finir par apprendre d'Akaike (Takiguchi Yukihiro), leur ami, la raison du changement de comportement de son amoureux ce qui le rendra malade. Que se passe-t-il donc entre ces deux-là ?...

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Il y a 20 ans au Japon, les Ultra Kyodai (Kyodai = frères, ici Ultraman 1er du nom, Seven, Jack et Ace) ont combattu un monstre sanguinaire. Les Ultraman ont été capables de vaincre ce monstre après une longue bataille. Cependant afin de sceller l'animal, ils ont du abandonner tout leur énergie, et par la même occasion leur capacité de transformation. Il se sont alors installés sur Terre tels des humains normaux.20 ans plus tard, des forces extraterrestres essaient de libérer ce monstre sur Terre, Ultraman Mebius appelle alors les Ultra Kyodai à la rescousse....