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Le film décrit la très forte camaraderie des marins du cuirassé Yamato, le plus grand navire de guerre jamais construit durant la Seconde Guerre mondiale, qui connut un destin tragique en 1945 lorsqu'il sombra. Après un long entrainement puis ses réparations après la défaite de la bataille du golfe de Leyte, en avril 1945 l'opération Ten-Go est lancée, et le cuirassé Yamato - dernière fierté de la marine impériale japonaise - est envoyé en ultime mission de protection d'Okinawa, attaquée par les forces d'invasion des États-Unis. Les 3 333 hommes d'équipage savent qu'il n'y aura pas assez de carburant pour le retour, conscients que la mère patrie - l'empire Japonais - est à bout de souffle…...

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L'histoire de Sakutaro, un homme d'affaire d'une trentaine d'années, qui mène une vie sans trop de fantaisie et assez négative. Un jour, sa fiancée, Ritsuko décide de le quitter lorsqu'elle tombe sur une vieille cassette qui est à l'origine de souvenirs troublants. Elle part alors pour Shikoku, ville où elle et Sakutaro ont grandi... Ce dernier, en la suivant, commence à se remémorer sa jeunesse et son amour pour une fille appelée Aki......

Il y a 20 ans au Japon, les Ultra Kyodai (Kyodai = frères, ici Ultraman 1er du nom, Seven, Jack et Ace) ont combattu un monstre sanguinaire. Les Ultraman ont été capables de vaincre ce monstre après une longue bataille. Cependant afin de sceller l'animal, ils ont du abandonner tout leur énergie, et par la même occasion leur capacité de transformation. Il se sont alors installés sur Terre tels des humains normaux.20 ans plus tard, des forces extraterrestres essaient de libérer ce monstre sur Terre, Ultraman Mebius appelle alors les Ultra Kyodai à la rescousse....

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