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Malgré leur multiples alliances, l'armée du Japon et Godzilla sont toujours ennemis. L'armée décide donc de construire un nouveau Mechagodzilla. Malheureusement, celui-ci subit des pannes toutes les 10 minutes. L'armée est donc obligée de reprendre le modèle original, qui se révolte et qui part attaquer Godzilla....

Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population....

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Après le braquage d'un dépanneur, trois hommes non identifiés retiennent un groupe de personnes en otage dans un hôpital. L'inspecteur Ishida et le capitaine Tohno gèrent les négociations tandis qu'un de leurs collègues, le lieutenant Ando, tente de découvrir pourquoi les hommes ont décidé de prendre l'hôpital en otage. Grâce à des flashbacks, des informations pertinentes sont révélées au public. Lorsque les négociations sont terminées, la plupart des choses semblent aller bien jusqu'à ce qu'ils perdent la trace des criminels. Ensuite, l'histoire dévoile sous un angle différent, ses racines dans les sentiments d'amour et de vengeance....