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Au XXVIème siècle, un scientifique sauve Alita, une jeune cyborg inerte abandonnée dans une décharge. Ramenée à la vie, elle doit découvrir le mystère de ses origines et le monde complexe dans lequel elle se trouve, afin de protéger ses nouveaux amis contre les forces sombres lancées à sa poursuite....

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Lorsque les enfants des plus grands agents secrets du monde contribuent involontairement à la dispersion d'un virus informatique qui offre à son inventeur le contrôle absolu de toutes les technologies, ils sont contraints de devenir espions à leur tour pour sauver leurs parents, et le monde....