Yukimura Chizuru, une jeune femme venue d'Edo se rend à Kyoto à la recherche de son père disparu. À son arrivée dans la capitale, des rônin la prennent en chasse dès la nuit tombée. Cachée dans une ruelle, elle voit ses assaillants se faire pourfendre par des monstres et finit par s'évanouir. À son réveil, Chizuru se trouve ligotée dans les quartiers du Shinsengumi dont les membres débattent sur les mesures à prendre afin de la faire taire. Alors que son sort semble prendre une mauvaise tournure, elle apprend que la milice est également à la recherche de son père et se propose de les aider. La jeune fille intègre le Shinsengumi en tant que servante et compte bien poursuivre ses recherches à leurs côtés et découvrir quel lourd secret ses nouveaux compagnons semblent cacher......

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Ce fut un dîner agréable pour Fujiko et Lupin. Jusqu'à ce que leur moment ensemble soit interrompu par une série de missiles provenant d'un hélicoptère. Le pilote s'appelle Nazaldorf, qui veut les "dossiers Columbus". Malheureusement, les dossiers ont été détruits et Fujiko est la seule à les avoir mémorisés. Lupin est séparé de Fujiko, qui est tombée d'une falaise lors d'une par les hommes de Nazaldorf. Rosaria, une chasseuse de trésors. découvre Fujiko dans sa propre maison. Fujiko a perdu la mémoire et elle ne se souvient pas de qui elle est, ni de Lupin....

À San Fransico, Californie, Lupin et sa bande tentent de trouver l'emplacement de quelques lingots d'or dans un navire coulé au large de l'île d'Alcatraz. Mais un groupe appelé "Society Seven" veut aussi ces lingots d'or. "Society Seven" est composée de sept dangereux criminels. Ils ont également un lien profond avec l'île d'Alcatraz et l'assassinat de feu le président John Fitzgerald Kennedy....

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