An UC 0123. Trente ans se sont écoulés depuis l'ultime révolte de Char Aznable (évènements de la première saga close par le film Mobile Suit Gundam : Char contre-attaque) et la Terre connaît une période de paix et de prospérité sans précédent. La guerre paraît déjà lointaine et Neo Zeon n'est plus qu'un souvenir. Pourtant, cette quiétude ne durera pas longtemps… La puissante famille Ronah, à la tête de l'organisation militaire Crossbone Vanguard, s'empare des colonies spatiales Frontier Side et proclame son indépendance et la création d'une utopie politique : Cosmo-Babylone. Pour Seabook Arno et ses amis, c'est le début de l'horreur le jour où Crossbone Vanguard attaque leur colonie. Tandis que Seabook prend les commandes du prototype Gundam F91 pour protéger sa vie, sa petite amie Cecily Fairchild est kidnappée par Crossbone Vanguard…...

L'histoire se passe dans le futur, après le crash d'un vaisseau alien. A-ko, une jeune fille rousse extrêmement forte et rapide, intègre, avec sa meilleur amie C-ko, la Graviton High School où elles font la connaissance de B-ko. Par la suite, elles devront affronter une race d'alien, quasi-exclusivement féminine....

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En Irak, un groupe d'archéologues découvre d'anciennes reliques qui prophétisent l'arrivée d'une race supérieure et la fin de toute civilisation. Pendant ce temps, de retour à Graviton City, alors que la rivalité entre A-Ko et B-Ko sur Kei s'intensifie, M. Daitokuji organise un mariage arrangé entre Mlle Ayumi et Kei. Furieuses des fiançailles, A-Ko et B-Ko font tout ce qu'il faut pour empêcher le mariage de se produire. Mais peu savent qu'une autre flotte extraterrestre est en route vers la Terre....