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Nouveau film centré sur l'univers de Free!. Il débute à la fin de l'année scolaire, alors que Haruka et Makoto sont sur le point de terminer le lycée....

A la fin des années 90, le Japon est devenu la première puissance économique mondiale. Mais depuis peu, une recrudescence d'attaques terroristes a mené à la formation d'un groupe spécial de la police : les Forces Spéciales de Sécurité. Pour lutter contre la violence des terroristes, six agents triés sur le volet ont le "permis de tuer" et peuvent agir au-dessus des lois de l'archipel. Leur chef Taki, un vétéran, n'a que peu de comptes à rendre et il se méfie de l'atmosphère de corruption qui baigne l'affaire du groupuscule terroriste Mai Rouge....

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Plus rien n'intéresse Okazaki Tomoya, jeune lycéen partagé entre une vie scolaire monotone et un foyer inhospitalier, jusqu'au jour où il fait la connaissance de Nagisa Furukawa. Touché par sa naïveté et son côté imprévisible, il décide de l'aider à concrétiser son projet. Ils rencontreront alors des filles toutes plus étranges les unes que les autres avec lesquelles ils se lieront d'amitié. Mais quel lien existe t-il entre leurs histoires et celle de la jeune fille prisonnière d'un monde inhabité dont personne ne parle mais que tous semblent connaître ?...

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