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Dans un monde virtuel constitué d'une multitude de dimensions, Dual et Dorothy ont pour mission d'éradiquer les virus qui menacent chacun de ces espaces. Et la règle est simple : tout monde infecté doit être systématiquement détruit. C'est leur travail, et elles seules en ont la responsabilité. Un jour, Dual et Dorothy découvrent une jeune fille attaquée par des virus. Elles parviennent néanmoins à la sauver, mais cet être semble rempli de mystère. Qui est-elle ?...

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Il s'agit d"un film d'animation se basant sur la série Prisma Illya. Ce film va adapter l'arc du passé de Shirou. Ce film se déroule avant les événements de la première saison de: Fate/kaleid liner Prisma☆Illya. Et il met en scène le passé commun de Sakatsuki Miyu et d’Emiya Shirô....

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L'objectif de la famille Ainsworth est de sauver le monde du mal, mais leur succès dépend du grand sacrifice que Magical Girl Miyu fait pour eux. Son frère Shirou, cependant, n'est pas disposé à laisser la famille avoir sa sœur sans se battre. C'est pourquoi il cherche obstinément un moyen de sauver non seulement le monde mais aussi Miyu......

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