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Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?...

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En 2012, après les événements de Digimon Adventure : Last Evolution Kizuna, les jeunes adultes DigiDestined — Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari et Ken — doivent concilier leurs nouvelles responsabilités avec leurs partenaires Digimon. Mais Rui Owada, un jeune homme mystérieux, apparaît, prétendant être le premier humain à s’associer avec un Digimon-Ukkomon. Rui aurait-il vraiment pu être le premier DigiDestined ?...

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L'histoire se passe aux États-Unis. Wallace est un Digisauveur qui vit aux USA, mais contrairement aux autres enfants, il possède deux Digimons. Malheureusement, l'un d'entre eux a été contaminé par un virus, le rendant peu à peu maléfique. Quelques années plus tard, Hikari et Takeru sont en voyage à New York quand Hikari ressent une étrange présence. Les adolescents tombent nez à nez avec le Digimon maléfique, puis sur Wallace qui semble être le seul capable de l'arrêter. Les Digisauveurs japonais vont alors se rassembler pour l'aider....

Diaboromon fait un retour sur le Net, et les Digi-sauveurs sont appelés à agir, ignorant que Diaboromon a encore quelques tours dans sa manche depuis leur dernière rencontre....

Cet épisode spécial, réalisé à l'occasion des 20 ans de la série, reprend tout l'arc East Blue, jusqu'à ce que l'équipage arrive sur Grand Line. L'histoire débute en pleine ère de la piraterie, lorsque le jeune Luffy quitte son village natal pour devenir pirate. En chemin, il fait la connaissance de Zoro, Nami, Usopp et Sanji, qui deviendront ses premiers compagnons....

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