Nous sommes en 2027 soit un an après la fin de la guerre-non nucléaire. Une ville relativement paisible appelée New Port est attaquée par des terroristes. L’armée japonaise décide de répliquer en postant son armée en plein cœur de New Port. Mais les terroristes frappent à nouveau. Une enquête est ouverte par le gouvernement nippon et celle-ci est confiée à la section 9 dirigée par Daisuke Aramaki. Afin de renforcer son effectif, le leader de la section 9 a intégré à son équipe un nouveau membre : une jeune demoiselle répondant au nom de major Motoko Kusanagi....

Kusanagi et Bâto enquêtent sur les agissements d'une organisation terroriste dont le symbole est une Scylla. Togusa enquête de son côté sur le meurtre d'un homme qui transportait des jambes artificielles fabriquées par la Mermaid's Leg corporation....

L’histoire nous entraîne dans le quotidien de Cadis Etrama Di Raizel, un puissant noble vampire aux pouvoirs mystérieux, qui se réveille après 820 années d’hibernation. Il retrouve alors son fidèle serviteur Frankenstein, qui est directeur du lycée Yeran, et intègre l’établissement pour découvrir le monde actuel. Alors que Rai (Raizel) se fait de nouveaux amis, une dangereuse organisation, qui crée des créatures, cherche à contrôler le pouvoir du Noblesse représenté par Raizel. Et ce n’est que le début d’une interminable lutte de pouvoir qui commence…...

Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de "Fire Starter" qui libère un virus affectant les cyber cerveaux....

Malgré son apparence, Yashiro est un yakuza masochiste accro au sexe qui en pince pour son ami de jeunesse, Kageyama. Mais hélas, ce dernier a déjà un homme. C'est alors que Yashiro fait la rencontre de Dômeki, son nouveau garde du corps qui est loin de le laisser indifférent !...

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Deux prisonniers incarcérés sur "Dead Leaves", une cité-prison nichée sur les restes de la Lune, tentent de s'évader....

Sha Wu Sheng, l'assassin connu sous le nom de Screaming Phoenix Killer, portait une inimitié mortelle contre l'Enigmatic Gale, un maître voleur. Mais ces deux hommes n'étaient pas toujours en désaccord - en fait, Wu Sheng était autrefois employé par Enigmatic Gale, et il considérait même son employeur comme un sauveur potentiel. Il a fallu un tournoi malheureux pour détruire le lien entre eux, dont les circonstances seront enfin révélées dans ce spécial Thunderbolt Fantasy ! Après cela, l'histoire se tourne vers Shang Bu Huan, révélant où son chemin l'a mené à la suite de son voyage à Demon Spine Mountain....

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?...

En cette belle journée d'été, Nazuna, discrète collégienne, décide de défier ses deux amis Norimichi et Yūsuke lors d'une course de natation. Le vainqueur assistera à ses cotés au feu d'artifice de la soirée. C’est Yūsuke qui remporte la course mais entre temps, Norimichi découvre le secret de Nazuna. Obligée de déménager en raison du divorce de ses parents, la jeune fille cherche à fuir. Et si Norimichi pouvait changer le destin de cette journée ?...

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Mars 2029. Dans un monde en phase de cybernétisation accélérée, les Etats souverains sont désormais dépassés par les flux d'informations et affaiblis par l'émergence de nombreux groupuscules se livrant une lutte de pouvoir effrénée. Le Premier Ministre du Japon est alors brutalement assassiné. Motoko Kusanagi, une cyborg d'élite à la tête de la Section 9, est chargée de découvrir la vérité. Une enquête très dangereuse sur les traces d'un cyber-virus d'une ampleur sans précédent l'emmènera à questionner ses origines ainsi que le rôle grandissant de la technologie dans un monde encore vulnérable.....

À San Fransico, Californie, Lupin et sa bande tentent de trouver l'emplacement de quelques lingots d'or dans un navire coulé au large de l'île d'Alcatraz. Mais un groupe appelé "Society Seven" veut aussi ces lingots d'or. "Society Seven" est composée de sept dangereux criminels. Ils ont également un lien profond avec l'île d'Alcatraz et l'assassinat de feu le président John Fitzgerald Kennedy....

Wū Yáo vit dans des montagnes reculées, seul avec sa mère qui lui prodigue une éducation stricte pour perfectionner son chant. À la mort de celle-ci, il trouve refuge dans une auberge qui lui offre le gîte et le couvert en échange de ses chansons. Il ne réalise pas que sa vie vient de basculer dans une aventure qui le mènera jusqu'au palais impérial et bien plus loin encore…...

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Plusieurs années ont passé depuis leurs débuts dans cet établissement. Tatsuya et sa petite sœur Miyuki entament leur dernière année à l’école de magie. Le frère et la sœur se rendent en compagnie de leurs amis dans une villa privée sur l’île d’Ogasawara. Ils font soudain la rencontre d’une étrange jeune fille appelée Kokoa. Alors qu’ils apprennent que cette dernière s’est en fait échappée d’une base navale, elle fait part de son dernier souhait à Tatsuya......

Motoko et son équipe se rapprochent enfin du courtier de Fire-Starter, mais les choses deviennent tendues lorsqu'on leur demande de jouer un rôle en retrait dans une opération d'infiltration....