Les événements se situent aux prémisses du jeu éponyme. Sorey est un jeune guerrier élevé par les Seraphins et possédant une forte énergie spirituelle lui permettant d’interagir avec eux. Un jour, il découvre une jeune femme évanouie dans un temple. Alors que Mikleo, son ami d'enfance, le prévient de ne pas se mêler aux humains, il décide de lui venir en aide. La jeune femme-chevalier en question est en réalité Alisha Difda, la princesse de l'empire d'Highland....

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Miyu n'est pas une jeune fille ordinaire mais un vampire millénaire. Gardienne d'une tradition ancestrale, elle protège le Japon de l'invasion d'une confrérie de suceurs de sang animés de mauvaises intentions, les Shinmas. Dans cette première série d'enquêtes, Miyu est confrontée à deux entités maléfiques dérobant les âmes de leurs victimes en travestissant leur souvenirs. Combattant les subterfuges de ses ennemies en usant de perspicacité et de persuasion, Miyu gagne la confiance d'une médium humaine, Himiko. Ne comprenant pas dans quel univers elle vient de pénétrer, la jeune prophète va quand même décider de s'engager dans un terrible voyage dont elle ne connait pas l'issue......

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Il y a une explosion soudaine au bord géant des installations océaniques du sommet de Tokyo. L'ombre de Tōru AMOURO, qui travaille pour le Bureau de sécurité de l'Agence nationale de police comme Zéro, apparaît sur le site. En outre, le "triple-face" du personnage connu comme Rei FURUYA en tant que détective et apprenti de Kogoro Mouri, et il est également connu comme Bourbon , membre de l'organisation des hommes en noir. Kogorô est arrêté comme suspect pour l'explosion. Conan mène une enquête pour prouver l'innocence de Kogoro, mais AMOURO se met sur son chemin....

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Lasset (Russ en VO) est un adolescent américain qui a grandi avec un loup nommé Grey. Néanmoins, le voisinage s'inquiète de la présence du loup, et les choses se gâtent quand Grey tue le chien du shérif. Lasset décide de sauver Grey en l'emmenant dans un parc naturel situé à plusieurs centaines de miles de là. S'ensuit un long périple durant lequel Lasset doit prendre soin du loup tout en surveillant ses instincts naturels....

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