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Quatre ans après les événements de la série, Aoi Miyamori travaille toujours chez Musashino Animation. Le studio est actuellement dans une situation délicate et notre héroïne se voit confier un projet de long-métrage. Malgré les nombreuses difficultés qui arrivent, Aoi et ses collègues réussiront-ils à finir le film d'animation ?...

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En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?...

Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus....

Dans un monde dévasté par la guerre nucléaire, deux pratiquants d'un art martial millénaire doivent s’affronter pour décider du destin de l'humanité. Raoh, qui a choisi d'unifier le monde par la force, fait face à une armée menée par Julia, la fiancée de son jeune frère d'armes, Kenshiro. L'amour que les deux hommes portent pour Julia déclenche un combat fratricide dont il ne peut sortir qu'un vainqueur......