L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !...

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Le rêve de Noriko Takaya est de devenir pilote comme son père. Celui-ci est décédé lorsqu'elle était jeune, suite une attaque par des forces extraterrestres. Après être entrée au lycée féminin de pilotage spatial d'Okinawa, elle doit convaincre tout le monde, en particulier elle-même, qu'elle peut atteindre son objectif et devenir une pilote accomplie bien qu'elle ne soit qu'une fille ordinaire....

On retrouve Jimmy et son Typhlosion dans leur voyage Pokémon. Non loin d'ici, Attila et Hun arrivent sur une base de la Team Rocket pour voir le cristal miracle. Cette invention peut stocker de l'énergie électrique et attirer les Pokémon Électriks. Jimmy rentre dans un Centre Pokémon et retrouve son amie Marina, En ressortant du bâtiment, ils rencontrent la Team Rocket avec le cristal miracle. Attila et Hun l'utilisent pour attirer tous les Pokémon électriques et capter leur énergie. Avant que Jimmy et Marina ne puissent les arrêter, un autre coup de foudre signale l'arrivée du légendaire Raikou......

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