Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…...

Asuna, jeune écolière solitaire, passe son temps libre à écouter une mélodie qui sort du poste à diode offert en souvenir par son père. Un jour, en se promenant dans la montagne près de chez elle, elle est attaquée par une redoutable créature. Elle est sauvée in extremis par un Shun, un mystérieux garçon disant venir d'un monde lointain. Mais il disparait aussitôt apparu, et Asuna, pour le retrouver, va s'embarquer dans la plus incroyable et la plus dangereuse aventure de sa vie. Par Makoto Shinkai, l'auteur-réalisateur de Cinq Centimètres par seconde et La tour au-delà des nuages....