Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…...

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Roma est un jeune garçon qui vit à la campagne. Avec son ami d’enfance Toto ils se font appeler les « Donglees » et ils organisent un petit spectacle de feu d’artifice tous les étés. À l’issue de sa première année de lycée, Toto revient de Tokyo où il étudie. Un nouveau venu, Drop, se joint aux DonGlees pour filmer avec son drone le spectacle vu du ciel. Mais cette fois-ci, rien ne va, les feux d’artifices ne fonctionnent pas et le drone est emporté par le vent. Au même moment, un feu de forêt se déclenche pour une cause indéterminée. La toile s’affole et blâme les DonGlees. Roma, Toto et Drop partent à la recherche du drone pour prouver leur innocence....