L'équipe de baseball du lycée Kaguramo n'est pas au mieux de sa forme. Après leur dernière défaites face à l'équipe Eagles, beaucoup de membres partirent, réduisant le nombre de joueurs à huit. C'est alors que Harumaki Shunpei décide d'acheter un robot de baseball. Seulement, par manque d'argent, il finit par acheter un robot de servante nommée Azusa. Malheureusement, elle ne pourra jamais remplacer un robot de baseball et se rendre utile à l'équipe. Cependant, il semble qu'Asuza cache un lourd secret qui pourrait bien faire pencher la balance......

Ninja Resurrection se déroule à l' époque Tokugawa , à une époque où les chrétiens du Japon étaient persécutés . Le chef de la rébellion de Shimabara , Amakusa Shirō , espérait résister aux forces gouvernementales attaquant des chrétiens comme lui, mais est assassiné. Peu de temps après, l'esprit agité d'Amakusa revient pour venger ses camarades tombés au combat et il appartient à Yagyū Jūbei Mitsuyoshi de mettre un terme à l'assaut démoniaque....