Prenant place peu de temps après la fin de l'arc Tartaros, l'histoire de ce second long-métrage sera principalement centré sur le personnage Natsu Dragneel, mieux connu sous le pseudo de Salamander....

Natsu et ses amis partent exécuter un petit boulot. Mais, à cause d’une erreur de la part de Lucy, la mission est un échec. Sur le chemin de retour vers son appartement, Lucy rencontre une fille nommée Éclair, écroulée au sol. Cette fille, accompagnée d’un oiseau nommé Momon, a, semble-t-il, perdu la mémoire et tout ce dont elle se rappelle est qu’elle doit livrer la moitié de la pierre de Phœnix, en sa possession, quelque part. Les ennuis ne tardent pas à arriver pour Fairy Tail. En effet, la garde d’un prince capricieux convoite la pierre qu’Éclair possède. La guilde est pratiquement détruite et Éclair est enlevée. La guilde Fairy Tail ne tarde pas à partir au secours de la demoiselle et à s’engager dans des combats difficiles contre les quatre gardes… au prix d’un sacrifice....

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