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L’histoire suit la jeune Tachibana Mei (Haruna Kawaguchi), une lycéenne solitaire. Un jour, elle blesse le garçon le plus populaire de l’école, Yamato Kurosawa (Sota Fukushi). Mais pour une raison inconnue celui-ci semble bien l’aimer et devient son ami. En plus de protéger Mei d’un harceleur, Yamato lui donne son premier baiser....

Kawabe Mikako est une enseignante de lycée pas très concernée par le futur de ses élèves. À cause d'un application de téléphone portable, elle va se retrouver avec trois d'entre eux envoyée dans le passé, plus précisément juste avant la Restauration de Meiji. Elle va y rencontrer Katsu Kaishu, une figure historique réputée pour avoir évité une guerre civile à Edo à cette époque. Pourtant, Mikako découvre un homme apparemment sans aucune envergure, bien loin de celui décrit avec moult éloges dans les manuels d'histoire qu'elle fait apprendre à ses élèves....

Kana, jeune fille particulièrement populaire à l'école primaire est, dès son entrée au collège, devenue l'inverse : totalement invisible. N'écoutant qu'une légende urbaine qui prétend que dans le vieux bâtiment de l’école se trouve Yomi, un fantôme capable de réaliser n’importe quel souhait; Kana part à sa recherche afin que celui-ci exauce le sien. Seulement voilà, tout est donnant-donnant et Yomi exige en retour que Kana lui offre quelque chose d'important. Lorsque le lendemain, Kana redevient, subitement, le centre d’intérêt du groupe le plus populaire du collège, sa meilleure amie, Rio, commence elle à être victime d'Ijime*....

Ce film est la suite des aventures du club d’hôtes. L’Académie Ouran est une prestigieuse école dont la plupart des étudiants viennent de familles riches et aisées (ou enfant de yakuzas aussi). Haruhi Fujioka fait partie de ces quelques étudiants qui viennent d'un milieu modeste (grâce à une bourse qu'elle reçoit grâce à ses bons résultats). A cause de circonstances imprévues, Haruhi Fujioka finit par rejoindre un "club d’hôtes" masculin, tout en cachant son identité sexuelle. L'amitié et l'amour se développe entre Haruhi Fujioka et les membres du "club d’hôtes"....

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Un ex-détective devenu professeur en criminologie s’installe avec son épouse dans un nouveau quartier, à la recherche d’une vie tranquille. Alors qu’on lui demande de participer à une enquête à propos de disparitions, sa femme fait la connaissance de leurs étranges voisins....

Yuzuru Kurojima est le directeur d'un centre d'excuses basé à Tokyo. Son travail consiste à enseigner aux autres comment s'excuser. Yuzuru Kurojima résout les problèmes en utilisant des techniques d'excuses très spéciales et s'affaire à tout type de cas passant ainsi d'un simple arbitrage à une crise nationale....

Lors du tournage de l'émission télévisée spéciale sur les phénomènes psychiques à petit budget de Shida Mirai, en présence de son invitée Kawaguchi Hruna, l'écran de télévision montre une vidéo entièrement différente de celle qu'ils avaient prévus. Les deux jeunes idoles et le staff regardent alors la vidéo montrant des événements surnaturels ayant lieu dans un lycée proche. Lorsque Kawaguchi Haruna reconnaît son lycée, le réalisateur, son assistante, le producteur et les deux idoles décident alors de partir enquêter à l'intérieur du lycée à l'aide d'un caméscope pour découvrir l'origine de ces étranges événements surnaturels......

Kaori Fujimiya était autrefois une jeune lycéenne très populaire qui avait beaucoup d'amis, avant qu'elle ne soit victime d'un accident de voiture qui, depuis, a déclenché chez elle des pertes de mémoires épisodiques : elle oublie tous ses souvenirs personnels d'une semaine à l'autre, et donc tous ses amis ! Depuis, elle s'est repliée sur elle-même et, pour se préserver, a décidé de ne plus lier connaissance avec personne. Yuki Hase, un camarade de classe, très intriguée par Kaori, décide de l'approcher et de mieux la connaître. Mis au courant de sa pathologie, il va alors tout essayer de faire pour l'aider, à la fois dans ses études mais aussi dans sa vie sociale et privée… au risque, peut-être, de perdre l'affection qu'il a pour elle et qui, jour après jour, se transforme et grandit !...

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Le spécial se déroulera plusieurs mois après les événements du drame. "Onizuka" apprend la fermeture imminente de l'orphelinat "Smile Duck" ("White Swan" dans le manga original) en raison d'un certain plan de développement de la ville et de certains conflits d'intérêts pour les politiciens impliqués. Bien sûr, il ne peut pas laisser cela se produire et, avec ses élèves des classes 2 à 4, il fera tout son possible pour protéger l'orphelinat....

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La fin de l'année approche. Les élèves d'Onizuka sont tous sous pression. Il y a ceux qui luttent pour être embauchés et ceux qui voient les examens arriver à grands pas. Onizuka se fait du souci à propos d'eux. Mais il a suivi chacun de ses élèves durant toute l'année en prenant son rôle de professeur principal très au sérieux. Il leur donnera alors l'ultime leçon, celle portant sur leurs rêves. Mais une inquiétante affaire d'admission illégale touche les élèves et leurs parents avec pour but de leur extorquer de l'argent. Avec l'aide de ses amis, Onizuka va enquêter sur cette affaire. D'un autre côté, un professeur d'université se servira de Kikuchi pour ses propres intérêts. À un mois de la fin de l'année, Onizuka se rend compte que ses élèves ont grandi et mûri. Mais le moment arrive pour ces derniers de partir et de dire "Au revoir" !...

Le jour de Noël, Saejima sauve une mystérieuse femme nommée Maria d'un trio d'hommes. Peu de temps après, il surprend Onizuka en compagnie d'Urumi et du professeur Fuyutsuki. Saejima décide donc de passer la soirée de Noël seul dans un club. Là-bas, il retrouve par hasard Maria qui y travaille comme hôtesse, et tous deux décident de se marier. Le lendemain, il se rend chez elle. Sur place, le lieu est vide et il découvre que Maria est partie en lui confiant ses trois bébés. Afin de s'occuper de ceux-ci et de retrouver leur mère, Saejima va recourir à l'aide d'Onizuka qui se fera aider à son tour par ses élèves. En même temps, Miki apprend que son père souhaite se remarier. Bouleversée par cette nouvelle, elle se sent alors abandonnée à elle-même. Sans en avoir conscience, elle va se faire manipuler par Sanada, un professeur remplaçant qui malgré ses bons airs ne semble pas avoir de bonnes intentions....