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80 ans ont passé depuis la première guerre impliquant Macross. Les descendants du conflit Zentraedi/Meltrandi ont établi une coalition sur Terre. En 2089, lorsque les Marduks, des renégats Zentraedi menacent cette alliance, la Forteresse Macross doit se régénérer après des générations d'inactivité afin de combattre l'ennemi. Hibiki Kanzaki, journaliste au Scramble News Network (SNN), se retrouve plongé malgré lui en pleine guerre et s'allie avec Ishtar, une énigmatique princesse Zentraedi. Avec l'aide de Silvie Gena, un pilote de Valkyrie, Hibiki part à la rescousse de Ishtar sur le point d'être reprogrammée par les renégats Zentraediens. Sylvie et Hibiki doivent aussi communiquer toute la vérité sur l'invasion et convaincre la puissante force militaire spatiale afin de réactiver la forteresse et défendre la Terre une dernière fois…...

Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre....