Dans l'Archipel Orange situé tout au sud de Kanto, le Dresseur Gelardan a un plan sinistre : attraper les Pokémon légendaires Artikodin, Électhor et Sulfura dans le but de réveiller Lugia, le gardien des abysses… Lorsque Sacha et ses amis arrivent, les habitants de l'archipel lui demandent de partir à la recherche de 3 sphères élémentaires issues de différentes îles. Alors que le climat est extrêmement perturbé dans le monde entier, il devient évident que la capture du trio légendaire a déséquilibré la planète. Avec l'aide de Lugia, Sacha pourra-t-il trouver les sphères sacrées, rétablir l'équilibre originel et devenir l'Élu tant attendu par tous ?...

Une catastrophe de cristal s'attaque à Greenfield... Sacha, Pikachu et leurs amis doivent trouver une solution pour réparer les dégâts causés à cette ville jadis si élégante. Mais l'impensable se produit quand la mère de Sacha est enlevée par le puissant Entei, un Pokémon qui était censé n'exister qu'en légende... Sacha doit partir à sa rescousse, sans savoir ce que cachent réellement ces événements incroyables : une jeune fille dont le rêve est transformé en cauchemar par des Zarbi mystérieux et inarrêtables....

Le jour de son dixième anniversaire, Sacha Ketchum oublie de se réveiller et se retrouve avec un Pikachu têtu au lieu du Pokémon de son choix. Après un début difficile, Sacha et Pikachu deviennent bons amis et de vrais partenaires, et lorsqu’ils aperçoivent le Pokémon légendaire Ho-Oh en plein vol, ils décident de partir à sa recherche, guidés par l’Arc-en-Ci’Aile qu’il leur a laissé....