Tout commence sur une plage près du village de Suna. Gaara et les ninjas du Sable sont confrontés à un mystérieux ennemi. Pendant ce temps, Naruto, Sakura et Shikamaru sont attaqués par le même ennemi lors d'une mission. Parmi eux se trouve un étrange garçon en armure, doté de grands pouvoirs. Retrouvés blessés par la caravane d'un peuple nomade, Naruto et le garçon nommé Temujin vont faire connaissance. Temujin appartient à un groupe idéaliste qui rêve de construire Utopia : un lieu où règne la paix et où le faible est protégé. Pour cela, Temujin est à la recherche d'une pierre mystérieuse, la Pierre de Guelel. Mais les apparences sont trompeuses......

Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?...

Conan, les Detective Boys, Ran, Kogorô, le professeur Agasa et Ai embarquent dans le train du mystère, train à bord duquel va se dérouler un jeu d’enquête mettant à contribution les passagers. En parallèle, Ai se retrouve ciblée par l’Organisation des hommes en noir…...

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